ทีมของอาร์แซน แวงแกร์ มักจะโดนวิพากษ์วิจารณ์บ่อย ๆ เรื่องการขาดระเบียบวินัย โดยนักเตะของเขานั้นโดนใบแดงไปถึง 73 ครั้งในช่วงปี ค.ศ. 1996 ถึง 2008 แม้ว่าหลายคนจะคัดค้านในประเด็นนี้[24] อย่างไรก็ตาม ในปี ค.ศ. 2004-2005 อาร์เซนอลคว้าตำแหน่งทีมที่เล่นขาวสะอาด (Fair Play) ที่สุดในลีก[25][26] และในปี ค.ศ. 2006 นั้น พวกเขาก็ได้อันดับ 2 มาครอง ตามหลังเพียงแค่ชาร์ลตันแอธเลติกทีมเดียวเท่านั้น[27]

ในปี ค.ศ. 1999 แวงแกร์เสนอให้มีการจัดการแข่งขันเกมเอฟเอคัพรอบที่ 4 กับเชฟฟีลด์ยูไนเต็ดใหม่ หลังจากจบการแข่งขันแมตช์นั้นไปแล้ว เนื่องจากมีเสียงวิพากษ์วิจารณ์เรื่องความไม่เป็นธรรมในการแข่งขันครั้งนี้ อาร์เซนอลได้ประตูชัยจากมาร์ก โอเฟอร์มาร์ส ซึ่งต่อเนื่องมาจากจังหวะที่อึนวังกโว กานูไม่ยอมเตะบอลคืนให้ทีมเชฟฟีลด์ยูไนเต็ดที่มีนักเตะนอนเจ็บอยู่ในสนาม แต่นัดรีเพลย์นั้น อาร์เซนอลก็กลับมาเอาชนะได้อยู่ดีด้วยผล 2-1

นอกจากนั้น แวงแกร์ยังเป็นที่รู้จักกันดีว่าเป็นคู่ปรับของ เซอร์ อเล็กซ์ เฟอร์กูสัน บรมกุนซือของแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด ส่วนทางด้านอาร์เซนอลและแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดก็เป็นคู่ปรับกันเรื่องการแย่งแชมป์พรีเมียร์ลีกและเอฟเอคัพมาตลอดช่วงปลายทศวรรษ 1990 และต้นทศวรรษ 2000 ความเป็นอริต่อกันนี้ยังทำให้เกิดเหตุการณ์ "ปาพิซซา" ที่โอลด์แทรฟฟอร์ดเมื่อเดือนตุลาคม ค.ศ. 2004 ด้วย หลังจากที่อาร์เซนอลเสียจุดโทษจากจังหวะน่ากังขาและต้องพ่ายแพ้ไป 2-0 จนหยุดสถิติไร้พ่ายของอาร์เซนอลไว้ที่ 49 นัดติดต่อกันในพรีเมียร์ชิพ หลังจบเกมนี้ นักเตะคนหนึ่งของอาร์เซนอลได้ขว้างอาหารใส่ทีมคู่แข่งที่อุโมงค์ทางเดิน[28] ส่วนอาร์แซน แวงแกร์ โดนปรับเงินจำนวน 15,000 ปอนด์ จากข้อหาที่ไปเรียกรืด ฟัน นิสเติลโรยว่า "ไอ้ขี้โกง" ในการให้สัมภาษณ์กับสถานีโทรทัศน์หลังจบเกม จากนั้นเขาก็โดนปรับเงินอีกครั้งสำหรับการเรียกฟัน นิสเติลโรยว่า "ไอ้ขี้โกง" อีกครั้ง โดยอ้างว่าเขามั่นใจว่าเขาคิดถูกแล้ว[29] จากนั้นมา ผู้จัดการทีมทั้งสองก็ตกลงกันว่าจะปรับความเข้าใจกันเพื่อลดความบาดหมางและความเป็นอริต่อกันให้เหลือน้อยที่สุด[30]

ในช่วงเดือนตุลาคมถึงพฤศจิกายน ค.ศ. 2005 แวงแกร์ก็ได้มีปากเสียงทำสงครามน้ำลายกับโชเซ มูรีนโย ผู้จัดการทีมของเชลซี โดยมูรีนโยกล่าวหาว่าแวงแกร์นั้นหมกหมุ่นกับเชลซีและไม่มีความเป็นมืออาชีพเลย และยังกล่าวโจมตีถึงขั้นบอกว่าแวงแกร์เป็นพวกชอบถ้ำมอง[31] โดยพูดว่า "เขากังวลเรื่องพวกเรามาก เขาพูดถึงพวกเราตลอด - มีแต่เชลซี, เชลซี, เชลซี, เชลซี" แวงแกร์ก็ออกมาตอบโต้โดยการชี้แจงว่า เขาไม่เคยรู้สึกอย่างนั้น เขาเพียงแค่ออกมาตอบคำถามนักข่าวเรื่องเชลซีเท่านั้น และยังบอกว่าทัศนคติของมูรีนโยเป็นพวกที่ไม่ให้เกียรติคนอื่นเลย จากนั้นมูรีนโยก็ออกมาขอโทษ โดยบอกว่าเขาเสียใจที่ไปต่อว่าแวงแกร์ว่าเป็นพวกถ้ำมอง และแวงแกร์ก็น้อมรับคำขอโทษอย่างบริสุทธิ์ใจ[32]

แวงแกร์ยังโดนผู้จัดการทีมพรีเมียร์ลีกคนอื่น ๆ วิพากษ์วิจารณ์บ่อย ๆ ว่าไม่ยอมให้โอกาสนักเตะอังกฤษเลย โดยเฉพาะอย่างยิ่งในเกมแชมเปียนส์ลีก อะลัน พาร์ดิว อดีตผู้จัดการทีมเวสต์แฮมยูไนเต็ดได้บอกว่า ความสำเร็จในแชมเปียนส์ลีกของอาร์เซนอลไม่ได้เป็นความสำเร็จของฟุตบอลสหราชอาณาจักรเลย[33] แต่ทางด้านแวงแกร์มองว่า เรื่องสัญชาติกับฟุตบอลนั้นมันไม่เกี่ยวข้องกันเลยและกล่าวว่า "เวลาคุณเล่นให้กับสโมสร มันก็ขึ้นอยู่กับคุณค่าและความสามารถ ไม่ใช่ว่าคุณถือพาสปอร์ตอะไร"[34] นอกจากนั้น ผู้มีชื่อเสียงคนอื่น ๆ เป็นต้นว่าเทรเวอร์ บรุกกิง ผู้อำนวยการพัฒนากีฬาฟุตบอลแห่งสมาคมฟุตบอลอังกฤษก็ยังได้ปกป้องแวงแกร์ด้วย โดยบรูกกิงบอกว่านักเตะตัวหลักของทีมชาติอังกฤษต่างก็เริ่มต้นอาชีพนักฟุตบอลภายใต้การทำทีมของอาร์แซน แวงแกร์ทั้งนั้น ไม่ว่าจะเป็น เดวิด เบนต์ลีย์, สตีฟ ซิดเวลล์, เจอร์เมน เพนแนนต์ และแอชลีย์ โคล โดยล่าสุดนั้น เมื่อเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 2007 แวงแกร์ก็โดนเซอร์ อเล็กซ์ เฟอร์กูสัน คู่ปรับเก่าตำหนิว่าให้โอกาสนักเตะอังกฤษน้อยเกินไป[35]

บ่อยครั้งที่อาร์แซน แวงแกร์ ไม่เห็นด้วยกับคำตัดสินของผู้ตัดสิน โดยมักจะออกมาตำหนิการตัดสินที่ไม่ค่อยเป็นธรรมกับทีมของเขาหลังจากจบเกมอยู่เสมอ[36] เช่น หลังจากเกมคาร์ลิงคัพนัดชิงชนะเลิศปี ค.ศ. 2007 นั้น เขาเรียกผู้กำกับเส้นว่า "เจ้าคนหลอกลวง" นำมาซึ่งกระแสวิพากษ์วิจารณ์อย่างหนัก ทำให้เขาโดนสมาคมฟุตบอลอังกฤษสอบสวน[37] และโดนปรับเป็นจำนวนเงิน 2,500 ปอนด์เพื่อเป็นการเตือนว่าจะไม่เกิดเหตุการณ์แบบนี้ขึ้นอีกในอนาคต[38]

ระหว่างปี ค.ศ. 2005 ถึงปี ค.ศ. 2014 อาร์เซนอลไม่เคยได้แชมป์เลยเป็นระยะเวลานานถึง 9 ปีด้วยกัน ทำให้อาร์แซน แวงแกร์ ถูกวิจารณ์อย่างมาก บ้างก็ว่าหมดยุคของเขาแล้ว จนในที่สุด อาร์เซนอลสามารถคว้าแชมป์แรกในรอบ 9 ปีมาได้ ด้วยการเอาชนะฮัลล์ซิตี ไปในช่วงต่อเวลาพิเศษ 3-2 ทั้งที่ถูกนำไปก่อน 0-2 ในช่วงต้นการแข่งขัน ทำให้ได้แชมป์เอฟเอคัพ ในฤดูกาล 2013-14 โดยแชมป์สุดท้ายที่ได้ก่อนหน้านั้นก็คือ เอฟเอคัพเช่นเดียวกัน ในฤดูกาล 2004-05[39] [40] และในรายการพรีเมียร์ลีก ถึงแม้ว่าอาร์เซนอลจะจบฤดูกาลด้วยอันดับ 4 เหมือนฤดูกาลที่แล้ว แต่อาร์เซนอลก็มีโอกาสได้ลุ้นแชมป์มากที่สุดในรอบ 9 ปี ด้วยการยืนพื้นเป็นทีมอันดับหนึ่งในตารางคะแนนนานถึง 128 วัน นับว่านานที่สุดในพรีเมียร์ลีกฤดูกาลนี้[41]

ในฤดูกาล 2014–15 ในช่วงต้นฤดูกาล มีเสียงเรียกร้องให้มีการเปลี่ยนตัวผู้จัดการทีมจากแฟนบางส่วนของอาร์เซนอล เมื่อไม่สามารถทำผลงานได้ดีนักในช่วงต้น แต่หลังจากขึ้นปี ค.ศ. 2015 แล้ว อาร์เซนอลทำสถิติชนะรวด 8 นัด นับว่าเป็นทีมที่ทำสถิติชนะติดต่อกันมากที่สุดของพรีเมียร์ลีกในฤดูกาลนี้ เมื่อจบฤดูกาล อาร์เซนอลได้อันดับที่ 3 นับว่ามีผลงานที่ดีกว่าฤดูกาลที่แล้ว[42]

และในเอฟเอคัพ อาร์เซนอลยังสามารถเอาชนะ แอสตันวิลลา คู่ชิงชนะเลิศไปได้ถึง 4-0 นอกจากจะสามารถป้องกันตำแหน่งแชมป์ไว้ได้แล้ว ยังทำให้อาร์เซนอลสร้างประวัติศาสตร์ คือ เป็นทีมที่เป็นแชมป์รายการนี้มากที่สุดของวงการฟุตบอลอังกฤษ คือ 12 สมัย และอาร์แซน แวงแกร์ ยังสร้างประวัติศาสตร์เป็นผู้จัดการทีมที่ทำสถิติเป็นแชมป์รายการนี้มากที่สุด คือ 6 ครั้ง เทียบเทา จอร์จ แรมซีย์ ผู้จัดการทีมแอสตันวิลลาเมื่อทศวรรษที่ 21[43] [44]

ในเอฟเอคอมมิวนิตีชีลด์ 2015 ซึ่งเป็นการแข่งขันนัดพิเศษก่อนเริ่มฤดูกาล 2015–16 ซึ่งเป็นการพบกันระหว่าง เชลซี ในฐานะแชมป์พรีเมียร์ลีก กับ อาร์เซนอล ในฐานะแชมป์เอฟเอคัพ ผลปรากฏว่า อาร์เซนอลสามารถเอาชนะไปได้ 1-0 ประตู จากการทำประตูของอเล็กซ์ ออกซ์เลด-เชมเบอร์ลิน ในนาทีที่ 24 ทำให้อาร์เซนอลป้องกันแชมป์เอฟเอคอมมิวนิตีชีลด์ได้ นับเป็นแชมป์สมัยที่ 14 อีกทั้งยังถือเป็นครั้งแรกอีกด้วยที่แวงแกร์สามารถเอาชนะโชเซ มูรีนโย ได้ หลังจากก่อนหน้านั้นมา 13 นัด ในทุกรายการ อาร์เซนอลภายใต้การคุมทีมของแวงแกร์ ไม่สามารถเอาชนะเชลซีภายใต้การคุมของมูรีนโยได้เลย [45] โดยก่อนหน้านั้นทั้งมูรีนโยและแวงแกร์ถือเป็นคู่ปรับกันมาโดยตลอด โดยมักทำสงครามประสาทด้วยคำพูดใส่กัน โดยเฉพาะมูรีนโยที่ถึงกับกล่าวหาแวงแกร์ว่าเป็น "เจ้าแห่งความล้มเหลว" เนื่องจากอาร์เซนอลมิได้แชมป์ใด ๆ เลยมาเป็นเวลานาน 9 ปี[46] ซึ่งในเรื่องนี้ เปป กวาร์ดีโอลา ผู้จัดการทีมบาเยิร์นมิวนิก แห่งบุนเดิสลีกา เยอรมนี เห็นว่าแวงแกร์มิได้เป็นเช่นนั้น[47]

แต่ในช่วงต้นของฤดูกาลนี้ ผลงานของอาร์เซนอลไม่ค่อยดี โดย 4 นัดแรก ชนะไปเพียง 2 นัด, เสมอ 1 นัด และแพ้ 1 นัด ในนัดเปิดฤดูกาล โดยแพ้ต่อเวสต์แฮมยูไนเต็ด ที่สนามเอมิเรตส์สเตเดียม และยิงประตูคู่แข่งไปได้แค่ 1 ลูกเท่านั้น นอกจากนั้นเป็นการทำเข้าประตูตัวเองของคู่แข่งขัน ทำให้แวงแกร์กลับมาถูกวิพากษ์วิจารณ์อีกครั้ง โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อก่อนเปิดฤดูกาลจนกระทั่งเริ่มต้น แวงแกร์ซื้อตัวผู้เล่นใหม่เข้ามาเสริมทีมเพียงคนเดียวเท่านั้น คือ เปเตอร์ เช็ค จากเชลซี ในตำแหน่งผู้รักษาประตู ทั้งที่ทีมมีปัญหาจากกองหน้าไม่สามารถทำประตูได้ จนกระทั่งเหล่าแฟนผู้สนับสนุนทีมรวมตัวกันยื่นเรื่องถึงผู้บริหารทีมให้ทบทวนนโยบายซื้อตัวผู้เล่น[48]